Сфера научных интересов: разработка и внедрение в практику новых методов диагностики и лечения заболеваний пищеварительной системы, терапевтических и гастроэнтерологических кластеров метаболического синдрома, решение теоретических и практических проблем организации оказания специализированной и высокотехнологичной медицинской помощи больным с гастроэнтерологическими заболеваниями. Участие в создании и поддержка городского регионального регистра пациентов с воспалительными заболеваниями кишечника, в том числе на генно-инженерной биологической терапии.
Число публикаций в РИНЦ – 222, из них 174 публикации в российских журналах, включенных в текущий перечень ВАК, 42 публикации в журналах, входящих в Web of Science или Scopus.
Индекс Хирша (РИНЦ) – 12.
Монографии – 9, патентов на изобретения – 3, рационализаторские предложения – 2, программы для ЭВМ — 2. Учебник – 1, учебные/ учебно-методические пособия – 25.
Членство в общественных и международных организациях:
Член Комитета по клиническим рекомендациям Российской гастроэнтерологической ассоциации.
Член Комитета по клиническим рекомендациям Научного общества гастроэнтерологов России.
Член Европейского общества по изучению воспалительных заболеваний кишечника (ECCO).
Член Программного комитета научно-образовательных мероприятий гастроэнтерологической службы Комитета по здравоохранению Правительства Санкт-Петербурга.
Член Научного общества гастроэнтерологов России.
Член Российской гастроэнтерологической ассоциации.
Член Президиума Ассоциации гастроэнтерологов Северо-Запада.
Член Санкт-Петербургского общества терапевтов им. С.П. Боткина.
Член Проблемной комиссии по терапевтическим специальностям ФГБОУ ВО СПбГПМУ МЗ РФ.
Член Локального этического комитета ФГБОУ ВО СПбГПМУ МЗ РФ.
Заместитель главного редактора журнала «Университетский терапевтический вестник».
Под руководством Фоминых Ю.А. защищены следующие диссертационные работы на соискание ученой степени к.м.н. по специальности 3.1.30 – гастроэнтерология и диетология:
Наджафова Кямаля Низамитдиновна “Липидный статус и метаболизм желчных кислот у пациентов с желчнокаменной болезнью, перенесших холецистэктомию”.