В 1993 году окончил Московскую медицинскую академию имени И. М. Сеченова, затем — клиническую ординатуру по специальности «Ревматология» в Институте Ревматологии РАМН. После окончания ординатуры работал заведующим отделения эндоскопии Института Ревматологии, затем врачом кабинета эндоскопии и старшим научным сотрудником (по настоящее время).
В 1998 году А. Е. Каратеев защитил кандидатскую диссертацию по специальности 14.00.39 «ревматология» на тему «Эффективность антисекреторных препаратов при НПВП — индуци-рованной гастропатии», в 2006 году — докторскую диссертацию по специальности 14.00.39 «ревматология» — «Патология верхних отделов желудочно-кишечного тракта у больных с ревматическими заболеваниями, получающих противоревматическую терапию».
Основные направления научных исследований А. Е. Каратеева — безопасность противоревматической терапии и патология желудочно-кишечного тракта у больных с ревматическими заболеваниями.
А. Е. Каратеев — автор и соавтор более 50 печатных работ, в том числе национального руководства «Ревматология» (Москва, «ГЭОТАР-Медиа», 2008); клинических рекомендаций «Применение нестероидных противовоспалительных препаратов» (Москва, «Алмаз», 2006) и «Лечение ревматоидного артрита» (Москва, «Алмаз», 2006); «Нестероидные противовоспалительные препараты: перспективы применения в медицине» (Москва, «Анко», 2000).