В 2011 г. защитил докторскую диссертацию, посвященную нюансам лечения и ведения пациентов с внебольничными формами пневмонии в условиях стационаров Министерства обороны РФ. Андрей Алексеевич ведет активную научную работу, является автором около 300 публикаций, имеет 8 монографий, а также участвует в составлении методических рекомендаций.